De federatie SINT FRANCISCUS tussen duin en tuin heeft een federatiebestuur. Het federatiebestuur wordt gevormd door alle vice-voorziters van de deelnemende parochies in de federatie + de moderator + het dagelijksbestuur.
Het federatiebestuur komt één keer per maand in vergadering bijeen, en wel op de derde woensdag van de maand.